房地合一課徵所得稅制度自105年1月1日起實施，財政部台北國稅局表示，為衡平總機構在中華民國境外之營利事業及外國公司在我國設立子公司從事房地交易所得之租稅負擔，
避免總機構在中華民國境外之營利事業藉由租稅負擔之差異，該等總機構在我國境外之營利事業，處分屬房地合一課徵所得稅制度(新制)範圍之房地交易所得，應按45%或35%稅率分開計算應納稅額，無需與其他營利事業所得額或損失合併計算。
舉例說明，總機構在境外之轄內甲公司於105年2月1日出售於103年11月1日購置之房地，符合新制課稅範圍，該筆房地出售總價額新台幣(下同)4000萬元，經減除取得成本2200萬元、必要費用400萬元及土地漲價總數額700萬元後，課稅所得額為700萬元；由於該公司持有該筆房地超過1年且當年度另有其他營業收入1500萬元，故甲公司於辦理105年度營利事業所得稅結算申報時應分開計稅並合併報繳，其應納稅額共計為500萬元(700萬元×35%+1500萬元×17%)。
財政部呼籲，為配合房地合一課徵所得稅制度的重大改革，財政部已於104年7月21日發布房地合一課徵所得稅申報作業要點，營利事業應特別注意相關法令規範內容。
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