財政部廢除證所稅因未有配套措施，相關的後遺症已逐漸擴散，並將波及房地產稅制，房地合一所得稅將被證所稅完全破解而課不到稅。
房地合一所得稅實施前，房地產交易中，賣房屋的所得必須課稅，但賣土地的獲利不課所得稅而須課土地增值稅。由於財政部及各稅捐機關會以實質課稅原則，以實價課房屋交易的所得稅；為了避免這個困擾，很早就有人以公司名義買賣不動產，而且是以設立外國公司的方式買賣房子，因為舊制下，外國公司賣房子所得及取得租金稅率為 17%，比個人便宜許多。
未上市櫃股票不課稅，本國公司將成避稅捷徑
先前，這種方式相當流行，不少台商及外人回台買房子也常用這種方式。例如，2013 年 12 月，台北市公布豪宅帝寶的實價登錄資料時就被發現，有中國「河南王」之稱的富豪王任生，就以英屬維京群島公司的名義，買進一戶帝寶豪宅。
安永會計師事務所楊建華會計師指出，為了防範台商及僑外資透過境外公司回台炒房避稅，財政部制定房地合一法律時，除了拉高外國人買賣房地產的稅率（持有 1 年內賣出稅率 45%，持有 1 年以上賣出稅率 35%）；同時，財政部並增列一項限制，凡是僑外資利用外國公司買進台灣房地產，將來再以賣出外國公司股票的方式，間接轉讓外國公司持有的台灣房地產，且賣股的獲利有半數來自出售房地產的收益，則僑外資賣外國公司股票的行為，就視同直接賣出台灣的房地產，賣外國股票的獲利必須按 35 到 45% 的稅率課房地合一稅。
然而，奇怪的是，上述規定只適用於外國公司，卻未規範到本國公司。因此，如果個人透過設立一家本國公司，再用公司買進房地產，事後個人再以賣公司股票的方式間接轉讓公司名下房地產，卻不用課房地合一所得稅，只課賣股票的證所稅，但證所稅卻已廢掉了。
財稅專家指出，證所稅改革應該是恢復到證所稅課徵前的狀況，即取消上市櫃股票證所稅，但未上市櫃股票要回復課稅；但這次證所稅改革是把所有股票的證所稅全部廢止，這樣只要透過本國的未上市櫃公司將房地產交易證券化，房地合一就課不到所得稅了。
例如，從 2016 年起，個人買賣房地產的稅率依持有期間不同，稅率 15 到 45%，規定非常繁瑣；但若個人透過本國公司持有不動產，再賣出本國公司股票間接轉讓不動產，那就不用去管房地合一的各種規定，真正的稅率就只剩下千分之三的證交稅率。
六都大調公告地價，不動產持有稅大幅攀升
舉例來說，甲持有一棟房屋半年，並於 2016 年賣出獲利 1,000 萬元，依房地合一所得稅制，須適用 45% 稅率，繳納 450 萬元稅負；但若甲先用 A 公司買進房屋，同樣於半年內賣出 A 公司股票且獲利 1,000 萬元，只要繳千分之三的證交稅，稅款只剩 3 萬元。透過這種方式，可完全破解房地合一所得稅各項限制，本國公司未來將成為熱門的避稅工具。
對此，資深財稅人士透露，財政部當初訂定房地合一所得稅制時，正是證所稅實施期間，個人賣本國未上市櫃公司的股票，必須核實課 15% 的證所稅，因此，房地合一才會只針對個人買賣外國公司股票，就視同買賣房地產課稅，並非故意漏掉對本國公司的規範；只是後來政治情勢變化太快，證所稅被完全廢掉了，才會形成現在的後遺症。
雖然 2016 年實施的房地合一可能課不到稅，但房地產的持有稅已出現大幅攀升的趨勢。最近六都已宣布公告地價及公告現值的調幅，其中，六都對公告地價的調幅都在 3 成以上，公告現值的調幅則較為緩和。
房地產的持有稅主要為房屋稅及地價稅，房屋稅是由各地方政府依街道地段率與房屋評定現值調整，而公告地價就是課地價稅的基礎，這部分六都中，以台中市公告地價調幅最高，達 38.25%。
至於公告土地現值是課徵土地增值稅的基礎，台北市公告土地現值調幅為 6.23%，調整後台北市平均公告土地現值已達市價 93.29%，台北市地政局表示，預計在 3 年內要將台北市公告土地現值調整到市價的百分百，因此，未來想住台北市的民眾，必須有承擔高房地產持有稅的覺悟與能力才行。
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