房地合一新制施行後，同時出售適用新制的房產，為免出現稅基相互侵蝕現象，財政部決定，房產合一交易所得減除土地漲價總數額只限同筆減除，每筆房產交易所得若低於土地漲價總數額時，該筆房產應申報的交易所得一律為零。
舉例來說，甲在2020時同時出售A、B及C三筆土地，三筆土地的土地漲價總數額均為30萬元，合一課稅下，A的合一利得是40萬元、B為20萬元，C則出現交易虧損10萬元。
財政部指出，甲在以房地合一交易所得減除土地漲價總數額時，依據各別減除原則，三筆土地課稅所得必須分開計算：
一、A房產部分：合一交易利得是40萬元，A土地的漲價總數額是30萬元，合一交易利得超過土地漲價總數額，A房產應計入所得課徵所得稅的金額即是10萬元（40萬-30萬元）。
二、B房產部分：合一交易利得是20萬元，B的土地漲價總數額是30萬元，因合一交易利得低於土地漲價總數額，依財政部規定，B房產應計入所得課稅的金額一律為0元。
三、C房產部分：合一交易產生虧損10萬元，不論土地漲價總數額為何，均免再減除土地漲價總數額，由於交易利得已為虧損，因此可按虧損10萬元計入所得，個人可與其他財產交易利得互抵，如無其他財產交易所得，此筆虧損的扣抵權可以保留三年；營利事業的虧損扣抵權則長達十年。
在此例中，甲因是同年出售均適用新制的房產，A、B及C各為合一所得10萬元、0元與虧損10萬元，甲申報年度所得稅時，需將三筆房產賺賠金額加總，得出年度房產課稅利得為零元【10萬+0元+(-10萬元）】。
